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在逐步淘汰甲基溴之后，采用了其他化學品進行土壤消毒。我國顏冬冬博士報告稱，甲基溴目前已被以下物質大量取代：超甲基鈉/鉀、磺酰氟、二甲基二硫、異硫氰酸烯丙酯等。這些藥劑在中國已經發展出許多應用方法，包括直接注入、化學灌溉、熱氣應用和旋耕機機械整合土壤。土壤熏蒸在溫室和露天田園產生了顯著的積極影響，包括生產出更旺盛的植物、更大更綠的葉子和顯著更高的產量。
但他表明，除了熏蒸劑的殺蟲作用外，它們還抑制了微生物的硝化活性，從而從根本上減少了氮的浸出損失。這種現象在實驗室和種植現場都很明顯。熏蒸還刺激氮礦化過程，通過有機含氮化合物的降解將銨釋放到土壤中。因此，化學土壤熏蒸增加了土壤的氮有效性，這得益于硝化作用的抑制和氮礦化的促進。我國研究人員的其他報告表明，化學熏蒸可以提高植物對其他土壤養分的利用率。
土壤日曬、土壤淹水和土壤蒸制是典型的物理做法，比化學做法更環保卻又十分高效。土壤日光化是在高太陽輻射強烈的季節利用太陽能來提高土壤溫度，以殺滅或嚴重削弱土壤傳播的植物病原體。它是通過用防水布覆蓋潮濕的土壤來進行的，防水布通常是一種不透水、不透氣的塑料覆蓋物，可以吸收太陽能，并將其保持在處理過的地塊內30-50天，隨后可以將其移除。含水量支持太陽熱對流到處理過的土壤的深層。它可以單獨用水，也可以與化學品或有機材料結合使用。目前，西班牙東南部90%以上的農場都在使用太陽能。
據報道，生物消毒方法使用以下有機改良劑：新鮮辣椒和黃瓜植物殘渣、新鮮和半堆肥羊糞、小麥殼、向日葵顆粒。根據循環經濟的原則，通過生物消毒將新鮮植物殘渣應用于土壤中，作為作物殘留物管理的一種替代方案。通過控制植物病原體來開發抑制性土壤也可以通過用以下改良劑來實現：綠色堆肥和生物控制劑（木霉屬、解淀粉芽孢桿菌、假單胞菌屬）、黑蠅幼蟲的糞便、商業幾丁質、向日葵籽殼、麥麩、啤酒渣和油菜籽餅。
